光緒廿六年（1900）庚子拳亂，引發八國聯軍分區佔領北京，致清政府治安機構癱瘓，日本派遣軍司令福島安三，於日軍佔領區內籌設警務工作，由日本憲兵設立「安民公所」，置所長與事務官，配置憲兵職掌警察職務，另雇傭中國籍巡捕參加警務速成訓練課程後擔任北京新警察。 在最為動亂的數月間迅速恢復了秩序，日軍佔領區因此成為北京最早恢復市面繁華的區域，給負責留守北京的慶親王奕劻對”憲兵”制度留下深刻印象。

         光緒廿七年夏（1901）聯軍撤離北京後，清國仿效聯軍佔領區「安民公所」憲兵制度，成立京城善後協巡總局、善後協巡營，編置警巡、巡長與巡捕，取代以往的捕快擔任地方警察，維持北京戰亂後治安空洞局面，為中國以非傳統警備力量處理治安事務首例，開創中國警政之先河。

         同年，汰撤綠營（練軍）、防勇（湘淮勇營），然後抽調精選改練成「巡警營」。光緒廿八年（1902），”巡警營”改隸袁世凱創設之軍政司，巡警營為軍隊屬性已備憲兵職能【註１】。

清光緒廿八年在天津的"巡警營"，由袁世凱的軍政部指揮。

         日俄戰爭後，清廷於光緒卅一年（1905年9月），派遣北洋五大臣戴澤、戴鴻慈、徐世昌、端方、紹英等五人出國考察各國政治制度，以利推行新政。戴澤、徐世昌、紹英等三位大臣赴日本考察後，認為整飭北洋各新軍紀律之必要，決心仿行日本憲兵制度，由慶親王-奕劻與日本訂立契約，引進日本憲兵制度，並援引日文漢字，正式採用「憲兵」【註２】一詞至今。

         位於大沽的憲兵學堂分設學員班、學兵班，選取北洋速成武備學堂畢業生及陸軍各標、營初級軍官(排長)五十名為學員，又考取北洋六鎮選優秀兵目一百五十名為學兵，學制均為一年，畢業後分派各憲兵營隊任職。

         學堂聘請日本籍顧問"川島速浪"，憲兵少佐"梅津正德"為總教習，及憲兵特務曹長"籐林富"、"東元三郎"，陸軍錄事"高橋寅治"為翻譯官等四員教授憲兵諸學科目。

         光緒卅二年(1906年）１１月，大清國「兵部」改編為「陸軍部」，並將「練兵處」併入陸軍部，統帥大清國新式陸軍。
         同時（1907年春），陸軍部尚書"鐵良"召集軍事會議，商討新軍訓練事宜。會議上認為：「各國陸軍最注意”憲兵”一科，我國正值講求武備之際，此舉更宜仿行。」於是諭令各省陸軍學堂一律添習”憲兵”功課，並派練兵處提調姚錫光專門繕寫憲兵章程，以便頒發各省照章，作為舉辦憲兵隊的依據。尚書”鐵良”同時向朝廷秉奏《試辦陸軍警察奏摺》，奏請試辦「陸軍警察」(即"憲兵")【註３】。於北京設置「陸軍警察所」，指揮編成的「陸軍警察營」。

１２月，憲兵學堂學員班卅九名，學兵班一Ｏ三名畢業，分派各憲兵營充任基層軍官。

         光緒卅四年（1908）５月６日，朝廷批准頒布「陸軍警察試辦章程」，是中國憲兵法制化的開始，命令各省新練陸軍，依照「陸軍警察隊定章」編成陸軍警察，在各鎮（師級部隊）、協（旅級部隊）中設立”陸軍警察隊”，駐紮省城，專司稽察陸軍各營，並輔助地方行政、司法警察工作，原先所稱”憲兵”亦正名為”陸軍警察”（註４）。

         陸軍部先從大沽挑選憲兵學堂的學生編成陸軍警察第一營（即"京畿陸軍警察隊"），中國第一支憲兵隊於焉建立，為中國憲兵之嚆矢。 同時並成立「禁衛軍警察隊」，其職權均為主管軍事警察及輔助普通警察。

         １１月，大沽憲兵學堂改隸陸軍部，改名為『陸軍警察學堂』，並遷往北京東四四條，設學員班、學生班、軍士班。

         宣統元年（1909）陸軍警察學堂招收陸軍速成學堂畢業生卅六名進入學員班就學，北洋六鎮士兵各八十名進入學兵班就學。
         原於光緒廿四年到宣統元年派赴日本學習憲兵計廿四人都已陸續回國，於同年七月解聘日本憲兵教員，全由中國教員任課。

         宣統二年（1910） 冬，陸軍警察學堂學員、學兵班畢業。學員班畢業生派各省陸軍警察營任副官及隊官。學兵班畢業生，除成績較差者派往京師憲兵營委用外，其餘仍留校深造。

         宣統年以後再擴編由旗兵組成的一營禁衛軍警察隊（共兩營，隊官"李飛鵬"），與陸軍警察隊均駐紮在北京，並設置陸軍警察所；任務是監控新軍各鎮。

         宣統三年（1911） １０月２９日，駐灤州的北洋第廿鎮憲兵營爆發起義事件，由袁世凱調兵鎮壓敉平。

         同年，陸軍警察學堂執行新式北洋軍隊秋操大典（兩軍假想演習）野戰憲兵任務：陸軍警察學堂-堂長任秋操警務處辦事官，教官編為辦事員，學員編為憲兵。 然秋操未及，武昌辛亥革命爆發，學校人員被調至漢口，組織北洋軍司令部及軍執法處，設「野戰憲兵」。

         同年冬，大沽陸軍警察學堂奉　陸軍部令遷往天津，併入天津的巡警學堂，大清陸軍部再於北京東四牌樓四條胡同再成立「北京憲兵學堂」，由殷學瀛擔任首任憲兵學校校長。大清陸軍部擬定：日後所有陸海空各軍均由憲兵糾舉軍風紀事務，因此憲兵前面不再冠以軍種，陸軍警察全面改稱為「憲兵」。

         北京憲兵學堂學員約七十餘人，由陸軍部分配各省名額，如四川、河北、山東、河南、江蘇、廣東、雲南、陝西、遼寧等省可保送三名至五名，浙江、安徽、吉林、黑龍江、貴州、廣西、山西、甘肅等省只能保送二至三名。學堂另設軍士隊，由駐京、熱、察、綏各部隊的軍士(士官)挑選保送，約八十餘人。

         憲兵學堂學員隊與軍士隊合計約一百五十餘人，有馬一百匹，馬廄於安定門外。 學員隊的學科有治安警察法、行政執行法、刑法、刑事訴訟法、民法、民事訴訟法、法學通論、違警律、平時國際公法、戰時國際公法、騎兵操典、步兵操典、偵探學、心理學、日語、英文等。術科有馬術、步操、刺槍、劈劍、摔跤、捕繩術等。

         軍士隊則側重於各術科，學科較少。兩隊的術科教官都是專任； 學科的教官大都為兼職，多從陸軍部職員和大理院推事之中及司法機關聘請擔任，並聘有三名日本憲兵教官（"片桐次郎"等三員）。 學員隊畢業期限規定為兩年、軍士隊一年。

         １９０８年１１月１５日慈禧太后辭世時，大清國憲兵部隊亦編成廿支憲兵分遣隊，派駐國外大清國主要國家公使館，禁止閒雜人接近、騷亂。