憲兵刑事技術專業原編制於本部情報處情報科職掌任務，民國六十一年七月撤銷情報科及編組，改編成立「憲兵學校刑事實驗教學中心」，再於民國六十八年六月十日，於一Ｏ一調查組刑技分組成立任務編組之「刑事技術支援中心」，針對各類犯罪進行鑑析研究。

         民國七十六年七月一日，「刑事技術支援中心」奉 國防部核准擴編，於憲兵司令部正式成立，隸屬情報處。其任務針對軍、司法審檢機關各類犯罪案件證疑物進行鑑析研究與現場勘察。民國八十七年，配合國軍精實案，更名為「刑事鑑識中心」。

         民國九十三年十一月一日，改編成「憲兵司令部刑事鑑識中心」，為司令部的專業直屬單位，並全面提升科學辦案能力，支援全國暨國防部所屬軍司法檢審機關刑案偵辦有關證物之鑑定。　

         刑事鑑識中心擁有多項鑑識專業能力，為法定檢察審判機關提供精確的鑑識報告，共同協助治安維護，下轄四個小組：

「物理鑑識組」：
負責證券、文書、貨幣之文書及印鑑真偽鑑定，分析測謊、指紋比對，鑑定書寫者之筆跡慣性特徵，槍彈痕跡比對鑑析與測謊案等。

物理鑑識組配備有「VSC4c問題文書比對儀」，各式鈔票防偽設計一目了然，可立辨真偽；以及「靜電足跡採取器」，為新式足跡採集設備。

「化學鑑識組」：
依「毒品危害防制條例」第卅三條之一、「刑事訴訟法」第一百九十八條、第二Ｏ八條及國防部令頒「國軍官兵濫用藥物篩檢作業規定」等法令，專責支援國各部隊及軍（司）法審檢機關所申請的鑑析案件，以毒品鑑定、審檢機關送驗尿液檢體中的毒品代謝物成分與爆裂物成分鑑析，硫化氫濃度檢測、水中重金屬含量檢測等案件鑑定。

「現場勘察組」：
（１）、針對刑案現場（死亡案、槍擊案、竊盜案、火災及爆炸案）封鎖、保全現場與證物完整，並著防護裝備實施勘查全般狀況、現場紀錄（照相、錄影、筆記、測繪、錄音）案件之人、事、時、地、物等工作。
（２）、挽留目擊者及相關證人，勿使其離開現場。
（３）、避免閒雜人等圍觀。

現勘組並負責血跡顯現試劑研究、刑事科學教育、鑑識工作指導與憲兵刑事技術研究發展。

「數位鑑識組」：
以嚴謹程序及適當技術，取得儲存在媒體中或網路傳送的數位資料，再加以正確的解釋並在法庭上呈現。


隨著科技日新月異，憲兵刑事鑑識人員，利用數位證物分析儀器，可以擷取手機、平板電話內的電話簿、簡訊、照片、通話紀錄及檔案等，並可還原已刪除的數位資料，在鑑識人員分析後，使犯罪跡證無所遁形，提供軍司法審檢機關運用，以釐清案情。

憲兵刑鑑中心主要任務為「國軍及司法審檢機關偵辦犯罪證物鑑析工作」、「支援國軍重大刑案現場證疑物處理」及「鑑識工作研究、訓練與指導」。主要執行毒品、尿液中毒品代謝成分、爆裂物成分、筆跡比對、印文比對、指紋比對、槍彈比對、數位儲存裝置鑑析、測謊測試及現場勘查等項目。          平時亦支援憲兵隊刑案偵辦及協力軍、司法審檢機關毒品（尿液）、筆跡、印文等各項犯罪證物鑑析，與法務部調查局、刑事警察局，同列國內三大司法案件囑託鑑定機關。          　刑事鑑識中心為目前國軍唯一具現場勘察能力之專業單位，現階段除配合軍事檢察署執行各類重大刑案現場蒐證外，未來在配合現場蒐證上，將加強培訓單位及地區憲兵隊專業現場勘察採證人員，以全面提升基層官士兵對刑案現場處理及勘察之能力，以耕植科學辦案技術，提升鑑識能量。

         另外，憲兵學校編制「刑事實驗教學組」（刑教組），主要為憲兵學校相關任務班隊授課教學為主； 並接受司法機關委託文書／筆跡／印文鑑定案件（以文書鑑定為主），並時常與警察大學、刑事警察局鑑識人員保持密切交流。

         民國九十九年，整年處理司法審檢機關囑託送驗案件2,452件，其中以毒品類佔1,155件為最大宗，其他主要類別依次為尿液、文書、指紋、數位等。
         至民國一百年度為止，該中心鑑驗支援國軍及各司法審檢機關案件就有2,842件，包括尿液、毒品、毛髮、文書、指紋、槍彈、痕跡、測謊、數位及現場勘查等，其工作量與日俱增，更顯司法檢審機關透過中心專業鑑析以科學採證之重要性。

         由於憲兵刑事鑑識中心為國軍唯一具法源專業鑑驗單位，其專業任務有不可替代性；因此憲兵部隊近年歷經國軍精進案、精粹案人員精簡作業下，刑鑑中心是唯一不受影響的單位之一。

         刑事鑑驗是刑案重建的一環，由於目前犯法罪手法不斷翻新，為有效打擊不法，憲兵持續加速更新刑事鑑析及爆炸物處理能力，以有效支援國軍及相關情治單位蒐集犯罪不法事證，並充份運用科學方法偵查犯罪，確實維護社會治安。